Equipe « Analyses chimiques, Chimie Physique, Phytochimie et Synthèses »   

•  Chimie physique théorique et Modélisation; 
• Chimie analytique et inorganique;
• Chimie organique appliquée;
• Biochimie appliquée

Membres de l’équipe : Gahungu Godefroid, Steve de Cliff, Ndamanisha Chrisostome; Nizigiyimana Libérata, Katihabwa Aloys, Mpawenayo Pierre Claver, Havyarimana Léopold; Ntakarutimana Vestine, Ntakiyiruta Pierre, Ngezahayo Jérémie, Nihorimbere Manassé

Equipe « Géologie et Sciences de la Terre »      

• Géologie fondamentale;
• Géologie des terrains superficiels,
• Pédologie et fertilité des sols ;
• Géologie minière;
• Géologie appliquée aux sciences de l'ingénieur

Membres de l’équipe : Nahimana Louis, Turimumahoro Denis; Ndayiragije Samuel, Simuzeye Théodose,  Sindayihebura Anicet, Kubwimana Désiré, Habonimana Laurent, Midende Gilbert, Bakundukize Charles, Gaston Hakiza, Ngenzebuhoro Pierre-Claver, Ntiharirizwa Seconde, Turimumahoro Denis, Nsengiyumva Nicelata, Kataraza Marc, Sendegeya Marcien, Niyungeko Christophe

Equipe  « Eau et Assainissement »         

•  Pollution des eaux;
• Déchets solides
• Déchets liquides

Membres de l’équipe: Ndikumana Théophile, Bunani Samuel, Bigumandondera Patrice, Rucakumugufi Daniel, Nahimana Winceslas, Niyungeko Christophe, Ntakiyiruta Pierre

Equipe : Gestion des écosystèmes aquatiques et humides       

•  Ecologie et biodiversité des milieux aquatiques et humides : limnologie physique et chimique, production primaire, phytoplancton et macrophytes, zooplancton et macro-invertébrés, poissons.
• Monitoring de la biodiversité et de la qualité de l’eau
• Pêches et Pisciculture

Membres de l’équipe : Nahimana David, Sibomana Claver, Banyankimbona Gaspard, Ntakimazi Gaspard, Ntakirutimana Dieudonné, Buhungu Simon, Niyoyitungiye Lambert, Bigirimana Anatole, Bararunyeretse Prudence

Equipe « Biodiversité et écologie des paysages terrestres »     

• Biodiversité végétale et animale des écosystèmes terrestres
•   Ecologie appliquée : biogéographie,
•  Ecologie forestière,
• Biologie des invasions,
• Conservation et écologie de la restauration
• Adaptation aux changements climatiques
• Entomologie appliquée

Membres de l’équipe : Ndayishimiye Joël, Masharabu Tatien, Hakizimana Pau, Havyarimana François, Nkengurutse Jacques, Nduwimana André, Niyukuri Jonathan, Ndayishimiye Joël; Gasogo Anastasie, Nduwarugira Deo, Minani Salvator

Equipe « Conservation et valorisation des ressources biologiques »

•  Adaptation aux changements climatiques
•  Domestication et valorisation des ressources végétales

Membres de l’équipe : Masharabu Tatien, Hakizimana Paul, Nkengurutse Jacques, IRAMPAGARIKIYE Rosette